1963년 일본 홋카이도에서 태어났고, 만화잡지에서 작가 겸 편집자로 일을 시작해 애니메이션 시나리오 작가를 거쳤다.
1963년 일본 홋카이도 출생의 곤 사토시 감독은 무사시노 예술대학에서 시각디자인을 전공했고, 재학 시절 이미 <영 매거진>에 만화를 연재하기 시작했다. 영매거진에 계속 단편만화를 발표하다가, 1990년 장편만화 〈해귀선〉 연재 후 첫 단행본을 내게 됐다. 이후 그는 오토모 가쓰히로와 오시이 마모루 등과 함께 일하면서 <노인 Z> <메모리즈> <기동경찰 페트레이버 2> <조조의 신비한 모험> 등에 참여하면서 세밀한 일러스트와 구성 능력에서 높은 평가를 받았다.
1990년 오리지널 비디오 애니메이션 <노인Z>에 미술 설정으로 참가하는 한편, 영화 <월드 아파트먼트 호러>에 원안으로 참가하면서 그는 애니메이션에 두각을 나타내기 시작했다. 1991년에는 <월드 아파트먼트 호러>를 만화화하여 연재하였고, 이후 단행본으로 출간했다. 극장용 애니메이션 <달려라 메로스>에서 레이아웃작업에 참가, 1995년 옴니버스 극장용 애니메이션 <메모리즈> 중 한편인 <그녀의 추억>에서 각본 및 설정을 담당하면서 일본 애니메이션의 중심에서 작업하게 되었다.
1997년 콘 사토시는 장편 애니메이션 <퍼펙트 블루>로 데뷔했는데, 이 작품은 기존의 일본 애니메이션과 달리 심리 스릴러 장르를 도입해 많은 관심을 받았으며 유수의 국제영화제에 초청받았다. 그는 <퍼펙트 블루>에 대해 "영화 같은 애니메이션이 아니라 애니메이션만 할 수 있는" 작품을 만들고자 했다고 말한다.
2006년 발표한 <파프리카>는 꿈과 현실을 오가는 복잡한 구성에 SF와 미스터리를 결합해 주목받았다.